肝脓肿的病因可由溶组织阿米巴原虫或细菌感染所引起。阿米巴肝脓肿的病因与阿米巴结肠炎有密切关系，并且脓肿大多数为单发；细菌性肝脓肿的细菌侵入途径除了败血症之外，可以由腹腔内感染直接蔓延所引起，亦可以因为脐部感染经脐血管，门静脉而入肝脏，胆道蛔虫也可以称为引起细菌性肝脓肿的诱因。常见的细菌有金黄色葡萄球菌，链球菌等。

此外，在开放性肝损伤的时候，肝脓肿的病因与细菌有密切关系。细菌可随致伤异物或从创口直接侵入引起肝脓肿；细菌也可以是来自破裂的小胆管。一些原因不明的肝脓肿，称隐源性肝脓肿，可能与肝内已经存在的隐匿病变有关系。这种隐匿病变在机体抵抗力减弱的时候。病原菌在肝内繁殖。发生肝脓肿。有人指出隐源性肝脓肿中25%伴有糖尿病。

全身性细菌感染，非凡是腹腔内感染时，细菌侵入肝脏，假如病人反抗力弱，可发生肝脓肿。细菌可以下列途径肝脏：

①肝脓肿的病因：胆道，胆道蛔虫症，胆管结石等并发化脓性胆管炎时，细菌沿着胆管上行，是引起细菌性肝脓肿的主要原因；

②肝脓肿的病因：肝动脉，体内任何部位的化脓性病变，如骨髓炎，中耳炎、痈等，非凡在发生脓毒血症时，细菌可经肝动脉肝脏；

③肝脓肿的病因：门静脉，已较少见，如痔核感染、坏疽性阑尾炎、菌痢等，引起门静脉属支的血栓性静脉炎：脓毒栓子脱落肝内，即可引起脓肿；

④肝脓肿的病因：肝外伤，非凡是肝的贯通伤或闭合伤后肝内血肿的感染而形成脓肿。

细菌性肝脓肿的致病菌多为大肠杆菌，金黄色葡萄球菌等，单发性肝脓肿脓腔有时可以很大，多发性肝脓肿的直径则可在数毫米至数厘米之间，数个脓肿也可融合成一个大脓肿。