由于目前应用的胃镜多属可弯曲的纤维光学胃镜，故因胃镜检查而致的胃壁破损已大为减少。但是，有的病例胃内原有炎症、溃疡或肿瘤等病灶存在，该项操作有时可引起胃出血、穿孔等并发症。

手术中医源性损伤可由解剖困难和操作失误所造成。例如作脾切除结扎胃短血管时，因放置血管钳离胃太近而损及胃壁，作高度选择性迷走神经切断术时撕破贲门或解剖胃小弯时造成局部缺血坏死，进行胆道或右半结肠切除术时分离胃窦和十二指肠周围黏膜而损伤胃窦部，胃小弯可能在经胸修补食道裂孔疝时被缝针撕破等。这些意外一般能在手术当时发现并予立即修补而不致带来不良后果，少数病例则因操作不当造成局部缺血而致术后腹膜炎或胃瘘等并发症。

除了上述一些原因外，亦有因心肺复苏时，体外心脏挤压用力过度而发生胃穿孔的个案报道。