菌血症的临床表现主要有：

除非病人处于患有持续性或高水平菌血症的危险性，典型的短暂而低水平的菌血症是无症状的。典型的表现为全身性感染的体征，包括呼吸急促、寒战、体温上升和胃肠道症状（腹痛、恶心、呕吐、腹泻）。在疾病初期，病人的皮肤往往温暖而警觉性减退。若不测量血压则往往不会发现低血压，有的病人低血压出现较晚。

有些特征有助于鉴别病因和致病的细菌。横膈以上的感染多数由革兰氏阳性菌所致，而腹部感染包括胆道和尿路感染多数由革兰氏阴性菌所致。但除实验诊断可鉴别革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌菌血症和脓毒性休克外，还没有其他可靠的鉴别方法。