手足口病主要表现在皮肤和口腔上，但手足口病并发症引起的病毒感染是全身性的少数病例表现为病毒侵犯心、脑、肾等重要器官的症状，临床上并发心肌炎。

手足口病并发症还表现为引起无菌性脑膜炎，这时的症状有发热、头痛、颈部僵硬、呕吐、容易烦躁、睡觉不安稳等。

身体发育时的手足口病并发症还能发现非特异性的红丘疹，甚至有点状的出血点。

手足口病并发症会侵犯中枢神经系统，可引起脑炎、脑干脑炎，表现为嗜睡、精神萎靡、脑膜刺激症状等，手足口病并发症严重者表现为神经原性肺水肿，导致死亡，以1岁左右的儿童多见。