肉眼检查：依据典型皮损形态进行判断。

分子生物学检查：用PCR方法检测人乳头状病毒(HPV)。

细胞学检查：一般适用于女性阴道内病变，取阴道宫颈等组织涂片，做巴氏染色，可见到空泡化细胞及角化不良细胞。

辅助检查(实验室检查)：根据皮疹特点、发病部位，结合病史一般诊断不难。必要时可做醋酸白试验、细胞学检查、组织病理学检查协助诊断。

组织病理学活检：镜下主要可见有假上皮瘤样增生，颗粒层和棘细胞上部有明显空泡变性;有真皮水肿，毛细血管扩张，周围中等度慢性炎性细胞浸润。其特征性病理变化是空泡状细胞。

醋酸白试验： 即用5%醋酸溶液外搽或湿敷患处，3~5分钟后，病灶局部变白且境界清楚者为阳性。其机制可能是被HPV感染的上皮细胞角蛋白在上皮内表达增加，易被醋酸凝固而发白。临床实践中，少数大型医院已经将醋酸白试验作为尖锐湿疣常规必需要做的检查，其目的一方面是为了诊断，另一方面是为了标示临床感染及亚临床感染病灶，有一定的定位功能，以尽可能彻底地清除病灶。但在大部分医院不作为常规使用。