小阴茎检查：1.实验室检查

常规进行血糖、钾、钠测定，甲状腺功能测定，生长激素检查和下丘脑-垂体-性腺轴功能的检查。后者包括测定促性腺激素（FSH、LH）和性腺激素（T、双氢睾酮）的水平，GnRH兴奋试验、人绒毛膜促性腺激素（HCG）兴奋试验及促肾上腺皮质激素（ACTH）激发试验等。

小阴茎检查：2.影像学检查

所有患者均需常规行CT或MRI检查以确定下丘脑和垂体的解剖情况。伴有颅面畸形者，应该特别注意视交叉、第四脑室和胼胝体的情况。疑为Kallmann综合征时，必须特别注意嗅沟的情况。

小阴茎检查：3.染色体核型分析

所有小阴茎患者均应常规检测染色体核型，以检测有无染色体异常。如Kallmann综合征、Prader-willi综合征及Klinefelter综合征等可伴有小阴茎。